Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου προωθώντας την αριστεία σε όλα τα επίπεδα της εκπαίδευσης και της μάθησης, προσφέρει από τον Οκτώβριο 2012 νέα, καινοτόμα προγράμματα επαγγελματικής επιμόρφωσης και εξειδίκευσης σε επιστημονικά πεδία αιχμής, τα οποία απευθύνονται τόσο σε πτυχιούχους, όσο και σε αποφοίτους Λυκείου.
- Αρχαία Αίγυπτος και Αιγαιακός Κόσμος: ιστορικές, αρχαιολογικές και εκπαιδευτικές προσεγγίσεις
- Αποτελεσματική Οργάνωση και Διοίκηση Σύγχρονων Επιχειρήσεων και Οργανισμών
- Αυτόματη Επεξεργασία & Ανάκτηση Εικόνων Ιστορικών Εγγράφων
- Διαχείριση Προβλημάτων Μάθησης και Συμπεριφοράς στο Πλαίσιο της Σχολικής Τάξης: απο το Νηπιαγωγείο στο Λύκειo
- Εκπαίδευση για την Αειφόρο Ανάπτυξη
- Μέθοδοι Ανάλυσης Ερευνητικών Δεδομένων στις Κοινωνικές Επιστήμες και τις Επιστήμες της Αγωγής
- Οργάνωση και Διοίκηση Τουριστικών Επιχειρήσεων
- Πολιτιστική Επικοινωνία και Σύγχρονες Τεχνολογίες
- Σύγχρονες Διαδραστικές Τεχνολογίες και Εφαρμογές
- Σπουδαστήριο Ιστορίας και Ιστοριογραφίας
- Σχεδιασμός και Ανάπτυξη online Μαθημάτων
- Τριδιάστατα Γραφικά Υπολογιστών
- e-Διδασκαλείο Γλωσσών
- e-Σχολή Γονέων
- Αρχαιομετρία & Συντήρηση Αρχαιοτήτων